Assim como os cistos branquiais, as fístulas ou remanescentes branquiais são anomalias congênitas decorrentes da persistência de um, ou mais arcos, ou bolsas branquiais após o nascimento.

A fístula branquial é um pequeno orifício localizado ao longo do pescoço, podendo estar junto ao ângulo do osso mandibular até a clavícula. Geralmente visível ao nascimento.

Por esta abertura drena um líquido claro ou muco. Nos estados gripais pode ocorrer o aumento do volume desta secreção.

O tratamento recomendado é a cirurgia, com ressecção de todo o trajeto fistuloso.

Existe, embora baixo, o risco de infecção e malignização da fístula.

Os remanescentes branquiais podem se manifestar como pequenas espiculas cartilaginosas, seios ou reentrâncias na pele.  Nestes casos também é recomendado a ressecção cirúrgica.